学校创建于1958年，前身为连云港市卫生学校，1988年经江苏省人民政府批准更名为江苏省连云港中药学校，1996年成为全国中等中医药专业教育达标学校，2001年成为国家中医药管理局全国11所重点中等中医药学校之一。2004年3月，经江苏省教育厅批准，建立连云港中医药高等职业技术学校(同时增挂江苏联合职业技术学院连云港中医药分院)。2005年1月,被教育部认定为第二批国家级重点中等职业学校。目前，学校在连云港市新区社会事业园区新征净地215.9亩，按5000人规模进行规划，整体方案已经确定。
　　-----学校现有教职工160人，各类在校生2300余人，校内教学设施先进、装备齐全，拥有现代化的多媒体教室、电子阅览室、计算机中心，并建立了校园网与因特网相连；标本室内藏有犀牛角、虎骨等各类海洋、珍禽、蜡叶、浸泡、原药材标本4000余种，药用植物园内植有各类药用植物400余种，馆藏图书13万余册，学校还附设有连云港市中医药研究所、校中药饮片厂、中药调剂实训中心、中药制剂实训中心、校对外门诊部等实践教学基地。
　　-----学校面向全省招生，设有中药、中药制药工艺、中药商品经营、护理四个五年制高职专业和中药（含中药制药工艺、中药商品经营两个专门化）、护理、药学三个普通中专、药剂、针灸推拿两个职业中专专业。同时，学校相继与南京医科大学、苏州大学、扬州大学、南京中医药大学、北京中医药大学网络学院联合开设了护理、预防医学、临床医学、药剂、中药、中西医结合等专业成人专科、本科、硕士研究生班。
　　-----学校始终坚持以学生为中心，以服务为宗旨，以就业为导向，以能力培养为主线，以提高教学质量为核心，以适应市场为目的，坚持以人为本的教育理念，在“改”字上找出路，在“活”字做文章，在“实”字上下功夫，在办学机制上求新求活，在办学效果上求实求佳，不断提高科学管理水平、教育教学质量和办学效益，毕业生年内就业率始终在95%以上，毕业生对口就业率在90%以上，有的毕业生已成为中医药专业的专家、学者，绝大部分毕业生已成为我省医药卫生战线的骨干力量。
　　-----学校先后获得了全国“五·四”红旗团委、全国全民健身周活动先进单位、全国模范职工之家、江苏省首批办学条件评估合格单位、江苏省中医药科技教育先进集体、江苏省实施中医机构“九·五”建设规划先进集体、江苏省文明单位、江苏省“德育工作”先进单位、江苏省 “学陶师陶，教书育人”先进集体、江苏省“创文明校风，树师表形象”先进集体、江苏省“师德教育”先进集体、江苏省“社会尊师重教、教师回报社会”先进集体、江苏省先进基层党校、市文明单位、市爱国卫生先进单位、市安全文明校园等荣誉称号。
　　-----目前，全校师生员工在邓小平理论和“三个代表”重要思想的指引下，开拓创新，与时俱进，正以崭新的姿态、更高的起点、更快的步伐，为早日建成省示范性中医药高职校而努力奋斗！