福建君子峰自然保护区位于明溪县，与泰宁县的龙安、大布乡，建宁县均口乡，三明市三元区、梅列区毗邻，位于北纬26˚19′3″～26˚39′18″，东经116˚47′21″～117˚31′22″。主要保护对象为中亚热带基带原生性常绿阔叶林森林生态系统、天然药用植物种质资源、具有重要经济价值的用材树种种质资源、昆虫世界、濒危动植物物种和丰富的生物多样性。
　　明溪县属于中亚热带海洋性季风气候。年平均气温18.0℃，1月平均气温7.6℃，7月平均气温27.0℃，极端最低气温-8.1℃，极端最高气温39.1℃。年日照时数1767.1 h。早霜始于11月下旬，晚霜终于3月上旬，无霜期260 d左右。年降水量1 737 mm，最高达2 200 mm，主要集中在春夏雨季。降水天数178 d。年蒸发量1 374.7 mm，年降水量大于年蒸发量。年平均相对湿度84%，最小为2月的78%，年平均雾日36 d。由花岗岩和片岩发育的红壤是君子峰自然保护区的主要土壤类型。沿海拔梯度依次分布有红壤、山地黄红壤、山地黄壤、粗骨性黄壤。基带常绿阔叶林林地的红壤土层厚，有机质含量丰富。保护区主要河流有夏坊溪、苎畲溪、城岚溪、夏阳溪4条，前2条汇合于李沂乡后，注入金溪水系，城岚溪由泰宁上华注入金溪水系，而夏阳溪在梓口坊注入沙溪水系，均属于闽江上源。
　　福建君子峰自然保护区地处我国东南大陆武夷山脉东南坡，自然条件优越，生态系统复杂多样，孕育和保存了丰富的野生动植物资源。福建君子峰自然保护区有9个植被型32个群系60个群丛。保存了完好的中亚热带基带原生性的常绿阔叶林，闽楠林、苦槠林、甜槠林、米槠林、吊皮锥林、钩栲林等保存较完好。
　　据调查，这里有维管束植物115目219科1 692种。其中蕨类植物6目39科180种；裸子植物2目7科14种；被子植物107目173科1 498种。随着植物解剖学、胚胎学、细胞学、遗传学、生物化学、生物地理学、古植物学、生态学、分子生物学和发育生物学的发展，吴征镒等(2003)提出了新的被子植物八纲系统，本书尝试按此系统排列被子植物部分，其中双子叶植物分为木兰纲、樟纲、胡椒纲、石竹纲、毛茛纲、金缕梅纲和蔷薇纲，由于“单子叶植物与具有单萌发孔花粉的木兰类植物的亲缘关系远比与具有三萌发孔花粉的真双子叶植物来得近，尤其与草本的木兰类植物更为密切”(吴征镒等, 2003)，本书按该系统将单子叶植物改为百合纲排在石竹纲与毛茛纲之间。在区系成分上，各类热带成分有355属，占本区总属数的55.56%；各类温带成分计有284属，占本区总属数的44.44%。
　　保护区内经济植物资源非常丰富，有药用植物776种，其中具有抗肿瘤作用的种质资源植物43种，具有增强免疫活性作用的种质资源植物11种，具有重要经济价值的材用植物有133种，另外有食用植物102种、园林绿化植物173种、鞣料植物37种、油脂植物115余种、芳香植物47种、蜜源植物119种、纤维植物84种。
　　保护区内有丰富的珍稀濒危植物。其中国家Ⅰ级保护的植物有南方红豆杉、钟萼木及历史栽培的银杏等3种；国家Ⅱ级保护植物有粗齿桫椤、金毛狗、福建柏、香榧、鹅掌楸、凹叶厚朴、樟树、天竺桂、闽楠、浙江楠、金荞麦、莲、短萼黄连、半枫荷、绞股蓝、榉树、伞花木、野大豆、花榈木、喜树、香果树21种及花叶开唇兰、浙江金线兰、钩距虾脊兰、铁皮石斛、长苞羊耳蒜、细叶石仙桃、小舌唇兰、苞舌兰等35种兰科植物。
　　保护区内有脊椎动物有34目100科384种。其中鱼类资源有5目13科49种，占福建省鱼类总种数的25.24%；两栖类2目7科26种，占福建省两栖类总种数的54.52%；爬行类3目12科63种，占福建省爬行类总种数的58.33%；鸟类17目47科197种，占福建省鸟类总种数的35.90%；兽类8目21科49种，占福建省兽类总种数的46.66%。
　　在鱼类中，花鳗鲡属于国家Ⅱ级保护动物；在两栖动物中有16种为中国特有种，虎纹蛙被列入CITES(2003)附录Ⅱ，且属于国家Ⅱ级保护动物(1988)；在爬行纲动物中有12种为中国特有种，蟒蛇是中国生物多样性的高度濒危类群。平胸龟、蟒蛇、滑鼠蛇、眼镜蛇、眼镜王蛇被列入CITES(2000)附录Ⅱ。蟒蛇属于国家Ⅰ级保护动物；在鸟类中，列入CITES(2000)附录Ⅰ的有3种(游隼、黄腹角雉和白颈长尾雉)，列入附录Ⅱ的有23种(隼形目12种、鸮形目9种、画眉、红嘴相思鸟)；属于IUCN(2003)名单中的易危种(VU)有2种(黄腹角雉、白颈长尾雉)；属于国家Ⅰ级保护动物2种(黄腹角雉和白颈长尾雉)，国家Ⅱ级保护动物25种；在双边国际性协定保护的候鸟中，属于中日协定保护候鸟54种，中澳协定保护候鸟11种；在哺乳动物中，小麂属于中国特有种。区内有IUCN(2003)名单中的濒危物种(EN)1种(豹(历史记录))、易危种(VU)2种(黑熊和鬣羚)；属于CITES(2000)附录Ⅰ的有4种(黑熊、金猫、豹和鬣羚)，属于附录Ⅱ的有4种(猕猴、穿山甲、豺、豹猫)；国家Ⅰ级保护动物1种(豹)，国家Ⅱ级保护动物7种。猕猴为具有重大科学价值的类群。
　　昆虫有33目300科2 412种，其已定名的物种数与物种丰富度仅次于福建武夷山国家级自然保护区和湖南八大公山自然保护区。其中昆虫纲29目280科2 317种，蛛形纲4目20科96种。在区系成分上，东洋区成分1 286种，东洋－古北区成分640种，多区成分347种，全球广布成分141种。
　　大型真菌有12目39科166种，保护区内不少珍稀种类，如云芝、正红菇、假蜜环菌、梨红菇等具有较高的经济价值。
　　土壤和树体微生物主要有11目17科68种。优势类群有芽孢杆菌属、链霉菌属、青霉属、曲霉属、木霉属、拟青霉属和枝孢属。多黏芽孢杆菌、常现青霉等有重要的经济意义。
　　保护区建设工作开始于1995年，面积为16 721.9 hm，其中核心区面积7 497.7 hm，缓冲区面积4 035.8 hm，实验区面积5 188.4 hm，原由两个省级自然保护区组成。后根据专家建议，通过生态廊道将两个省级自然保护区连接起来申报国家级自然保护区，调整后面积为18 060.5 hm，并按此确定保护区界碑标志，2005年按此面积申报国家级自然保护区。