自然生态是太平湖风景区最大的王牌。湖水终年清澈碧透，达国家一级水质标准，可直接饮用。湖畔青山起伏连绵，植被繁茂，森林覆盖率达95%；动植物资源十分丰富，共有树种41科400余种，动物320 余种。自然条件十分优越，四季鲜果不断，盛产各种土特产品，著名的如太平猴魁、黄山毛峰、猕猴桃、香榧、野生干鱼、太平湖银鱼等。
　　1、动植物
　　湖处南北种混杂的过渡地带；动物种类繁多，主要为东洋界型和古北界型。
　　禽类 有飞禽170种，分别隶属于17目40科。其中白鹳、白颈长尾雉等属国家一类保护动物，白鹇、草鹗等属国家二类保护动物。
　　哺乳类 景区内有哺乳类动物70余种。其中梅花鹿、黑鹿、云豹、金钱豹等为国家一类保护动物，猕猴、短尾猴、穿山甲、大灵猫、小灵猫、獐、毛冠麂、苏门羚、黑熊、麋鹿、水獭等为国家二类保护动物。
　　爬行类 已知的爬行类动物40 余种。常见的有鳖、乌龟、鹰嘴龟、草蜥、蛇蜥及竹叶、金环、银环、小百花、乌梢、蝮蛇等。
　　两栖类 已发现境内有两栖类动物20余种。主要有大鲵、黑斑蛙、竹叶蛙、棘胸蛙、蟾蜍、沼蛙、花臭蛙、蝾螈等。其中大鲵（娃娃鱼）属国家二类保护动物。
　　鱼类 有鱼类43种，分属6科。其中肉食性鱼类23种，底栖生物食性鱼类5种，周丛生物和碎屑良性鱼类5种，浮游生物食性鱼类8种，草食性鱼类2种，杂食性鱼类20种。
　　此外，还有蟹、螺、蚌、虾等水生动物和蜂、蝶、蜻蜓、蟋蟀、螳螂、蝉等种类繁多的虫类。
　　植物
　　景区内常见植物有木、竹、药材、花卉、农作物等400余种。
　　常见阔叶林树种主要有青冈、苦楮、石栎、紫楠、木荷、大叶锥栗、樟树、青栲、甜楮等。
　　落叶阔叶树种主要有麻栎、小叶栎、枫香、栓皮栎、黄檀、山杨、黄檫、黄连木、香椿、臭椿、野漆、黄山柃木等。
　　针叶树种主要有山木、马尾松、黄山松、刺柏、香榧等。
　　稀有珍贵树种41科72种，主要有银杏、金钱松、三尖杉、南方红豆杉、红楠、杜仲、香果树、华东黄杉、南方铁杉、黄山木兰、天竺桂、青檀、天目紫荆等。
　　香榧王
　　榉树
　　竹类有屯竹、淡竹、金竹、圆竹、苦竹、木竹、箬竹、实心竹、罗汉竹。
　　药用植物。有药用植物上千种，属国家管理的一类药材有杜仲、厚朴；二类有黄连、生地白术、白芍、麦冬、茯苓、贝母、银花、菊花、牛膝、元胡、鹿茸、臾肉等。
　　花卉 有观赏花木6类上百种。其中观花植物有黄山杜鹃、望春花、黄山木兰、天女花、山茶花、春兰、惠兰、百合、屯叶山樱花、梅花、桂花等71种；观景植物有南天竹、油桐、黄山花楸、枸骨冬青等15种；观叶植物有棕榈、鹅掌楸、石南、紫竹、红枫等26种；绿荫植物有厚朴、香榧、合欢、银杏等28种；爬藤植物有猕猴桃、周藤花、冠盖藤等20种；覆被植物有白须草、金兰、虎耳草等23种。
　　牧草类主要有芭茅、白茅、小青草、灯芯草、蒿草、葛藤、屯栗、野荞麦、马兰头、荠菜及蕨类等。
　　水生植物。主要有水葫芦、水浮莲、浮萍、水花生、野舌草、滋菇、莲藕、水草、芦苇等。
　　2、森林公园
　　黄山区地处亚热带，气候温和，湿润多雨，境内山峦起伏，河流纵横。除黄山风景区外，尚有88平方公里的太平湖淡水养殖基地，樵山神仙洞和众多的山地、盆谷、溪流等自然景观。森林资源丰富，植被良好，具有乔木、灌木和草本植物三层完整结构，属常绿阔叶林植被种类占本省总数的45%。1987年10月，由省林业厅考察上报，经林业部批准，辟建 “黄山国家森林公园”。
　　公园以境内的游山、洋湖、芦山和林茶场为主要基地，山场面积44.1万亩。计划设太平湖、洋湖、雾山3个景区，分建众家山、黄金岛、神仙洞、回驴岭、雾山、洋湖6个景点。